Infections Associées aux Soins et Résistances aux Antibiotiques - September 18, 2023
L’augmentation de la résistance aux antimicrobiens
Les techniques de criblage moléculaire des organismes multirésistants pourraient réduire les taux de mortalité et l’impact économique de la résistance aux antimicrobiens
Les organismes multirésistants (OMR) sont des micro-organismes, principalement des bactéries, qui deviennent résistants à la suite d’une mauvaise utilisation d’antibiotiques et via des mutations naturelles.1 La résistance aux antimicrobiens (RAM) a été évoquée comme étant l’une des plus grandes menaces pour la santé mondiale et la sécurité alimentaire dans la société d’aujourd’hui.1 Non seulement la résistance aux antimicrobiens entrave le traitement des maladies infectieuses, telles que la pneumonie mais selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS), elle met également en péril les la médecine moderne, car les interventions chirurgicales sont beaucoup plus dangereuses sans antibiotiques efficaces.1
Un rapport de surveillance publié en 2020, d’après les données de 2015-2019, a montré que les pays européens avaient jusqu’à 46,7 % d’isolats invasifs de Staphylococcus aureus résistants à la méticilline (SARM).2 Les taux d’espèces résistantes aux carbapénèmes sont particulièrement élevés dans certains pays, dont la Grèce, l’Italie et la Bulgarie (voir tableau 1).2
Tableau 1. Pourcentage d’isolats invasifs résistants aux carbapénèmes (imipenème ou/et méropénème) en Bulgarie, en Grèce et en Italie.
| Pourcentage d’isolats invasifs résistants aux carbapénèmes (imipenème ou/et méropénème)2 | |||
| Bulgarie | Grèce | Italie | |
| Espèces Acinetobacter | ≥50 % | ≥50 % | ≥50 % |
| Klebsiella pneumoniae | 25 % – <50 % | ≥50 % | 25 % – <50 % |
| Pseudomonas aeruginosa | 25 % – <50 % | 25 % – <50 % | 10% – <25% |
Une augmentation significative des entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) entre 2015 et 2019 dans un certain nombre de pays européens a également été observée, l’Irlande, l’Allemagne, la Roumanie, la Hongrie, la Grèce, la Lettonie, la Croatie, la Lituanie, la Pologne et la Slovaquie ayant tous 25 à 50 % d’isolats invasifs résistants à la vancomycine.2 Bien que la Norvège ait l’un des pourcentages les plus faibles de résistance aux antimicrobiens dans les infections du sang, la résistance aux antibiotiques à large spectre, utilisés pour lutter contre les OMR, a augmenté au cours des 10 dernières années.3
La prévalence des OMR en Europe augmente, ce qui exige une intervention efficace pour réduire l’impact sociétal. Il existe plusieurs facteurs de risque au regard de la prévalence des OMR en Europe, dont certains sont apparus récemment, et ont un impact considérable sur les systèmes de santé et les sociétés européennes. Cet impact négatif est probablement dû aux défaillances des techniques de dépistage actuelles, entraînant une détection et un contrôle insuffisants de la résistance aux antimicrobiens.
Facteurs de risque au regard des OMR en Europe
Le facteur de risque le plus notoire de RAM est l’abus d’antibiotiques ; à l’échelle mondiale, une grande part d’automédication antibiotique se produit en raison de l’accès aux médicaments « en vente libre ». Selon le Centre européen de prévention des maladies (ECDC) et l’OMS, la Grèce avait la dose quotidienne définie (DDD) la plus élevée en matière d’utilisation d’antibiotiques en Europe et une augmentation de la consommation de 2,4 % entre 2014 et 2018, tandis que de nombreux pays européens ont connu une diminution.4 Ceci, accompagné de taux élevés de résistance aux antibiotiques en Grèce, laisse entrevoir une tendance causale.2
Par ailleurs, l’Italie, qui avait des taux élevés de résistance aux antibiotiques, a présenté une DDD relativement faible suggérant l’implication de facteurs supplémentaires.2,4 De nouvelles souches de SARM pénétrant l’Europe ont été détectées en 2021 ; plus exactement, le clone t304/ST6 a été identifié dans cinq pays d’Europe du Nord comme étant originaire du Moyen-Orient.5 En outre, une étude sur les demandeurs d’asile et les réfugiés admis à l’hôpital universitaire d’Helsinki entre 2010 et 2017 a révélé que 45 % d’entre eux étaient colonisés par des OMR et que 12,5 % présentaient au moins deux souches d’OMR détectables.6 La proportion de porteurs d’OMR était la plus élevée parmi les patients irakiens (57,2 %), syriens (55,8 %), afghans (34,8 %) et somaliens (25,8 %).6
Le déplacement forcé d’individus de pays à revenu faible ou intermédiaire au Moyen-Orient et en Afrique est répandu dans la société d’aujourd’hui, l’Europe ayant reçu 9,2 millions de demandes d’asile entre 2010 et 2019.7 Selon la Commission européenne, l’Italie et la Grèce figuraient parmi les pays européens ayant le plus grand nombre de demandes d’asile.8 Le dépistage des OMR à l’arrivée en Europe est impératif pour en réduire l’impact sur les systèmes de santé et les sociétés européennes.
Une étude récente a également révélé une association entre le SARM et le changement climatique, suggérant qu’une augmentation de 1 °C de la température moyenne pourrait entraîner une augmentation de 1,02 fois.9 La température moyenne de la saison chaude serait ainsi davantage associée à la résistance du SARM, avec un coefficient de corrélation de 0,826.9 En outre, la prévalence de Pseudomonas aeruginosa (CRPA) résistant aux carbapénèmes devrait doubler au Royaume-Uni et aux Pays-Bas d’ici 2039 et augmenter de 70 % au Danemark en raison du changement climatique.9 Une autre étude aux États-Unis a révélé qu’une augmentation de température de 10 °C dans toutes les régions entraînait une augmentation de la résistance aux antibiotiques de 4,2 %, 2,2 % et 2,7 % d’Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae et Staphylococcus aureus ; cette augmentation était également associée à une plus grande densité de population, ce qui suggère que la croissance de la RAM ne doit pas être sous-estimée au sein des populations actuellement en croissance.10 L’apparition de nouveaux facteurs de risque de résistance aux antimicrobiens exigera davantage de méthodes de dépistage plus rapides et plus précises pour empêcher la propagation continue.
Impact de la RAM sur les pays européens
Il est suggéré que le manque d’interventions pour lutter contre les OMR pourrait entraîner une augmentation de 72 % des cas de résistance aux antimicrobiens de deuxième intention d’ici 2030 dans l’UE/EEE ; la résistance aux antibiotiques de dernière intention devrait doubler.11
Cela a de graves implications pour les sociétés européennes, car les infections entraînent une augmentation de la durée des séjours à l’hôpital, une augmentation des taux de résistance aux antimicrobiens, des coûts médicaux plus élevés et une augmentation de la mortalité.12
Là où les antibiotiques de première intention ne peuvent plus être utilisés, les médicaments plus coûteux sont souvent nécessaires, ce qui entraîne un impact économique plus lourd pour les familles et l’ensemble de la société.1 En 2019, la RAM et son traitement inefficace ont coûté 1,1 milliard d’euros aux systèmes de santé des pays de l’UE/EEE.11
Fait inquiétant, en 2019, les décès en Europe dus à la RAM sont passés à 33 000.11 Une évaluation rapide des risques concernant les entérobactéries résistantes aux carbapénèmes (CRE) en 2018 a suggéré que des recherches biologiques et un rapport effectué à temps sont essentiels pour ne pas retarder le traitement approprié et éviter la mortalité associée.14
Mise en culture contre criblage moléculaire.
Traditionnellement, le dépistage de la résistance aux antimicrobiens utilise des techniques de mise en culture, pour lesquelles le processus complet peut prendre jusqu’à cinq jours.15 Attendre aussi longtemps pour l’identification peut retarder les mesures appropriées de contrôle des infections, ce qui pourrait favoriser la transmission et d’autres mutations. De plus, une identification tardive peut retarder un traitement adapté, ce qui peut également contribuer à la résistance bactérienne et nuire à la santé du patient, voire s’avérer fatal.
La mise en culture exige également beaucoup d’expertise et d’équipement de laboratoire, ce qui peut en limiter l’utilisation dans les pays à faible revenu ou intermédiaire. La prévalence de RAM n’a pas été évaluée dans de nombreux pays européens à revenu faible ou intermédiaire, tels que la Bosnie-Herzégovine, le Monténégro et l’Albanie2; cependant, la Bosnie-Herzégovine a enregistré la seule augmentation statistiquement significative de l’utilisation d’antibiotiques entre 2014 et 2018, soit 6 %.4 Fait intéressant, la Bulgarie, un pays à revenu intermédiaire, a un pourcentage de résistance à la vancomycine avec E. faecium de 18,3 % en 2019, ce qui représente une augmentation significative depuis 2015 où le pourcentage était de 10,5 %.2 Cela souligne la nécessité d’un dépistage plus poussé et d’une meilleure capacité de détection des résistance dans ces pays afin d’en réduire l’impact sur les systèmes de santé et les sociétés ; pourtant, la nécessité de plus de ressources et de travailleurs qualifiés rend l’utilisation croissante des méthodes de culture peu plausible.
Des recherches comparant les méthodes traditionnelles de mise en culture aux méthodes moléculaires, telles que la réaction en chaîne par polymérase quantitative (qPCR) et numérique (dPCR), ont révélé que le comptage sur plaques de culture sous-estime considérablement la quantification, de 257 fois, concernant Mycobacterium.16
Une autre étude a révélé que lors de la comparaison du dépistage du S. aureus sensible à la méticilline (SASM) et du SARM à l’aide de techniques de culture par rapport à un test PCR, la détection était systématiquement sous-estimée. Concernant les méthodes de culture, la mise en culture directe a détecté 22,4 % de SASM et 1,2 % de SARM dans les échantillons, contre 35,6 % de SASM et 2,3 % de SARM en utilisant le test PCR.17
Dans la même étude, ils ont modélisé ces résultats avec les données de surveillance nationales et estimé qu’environ 5 000 à 8 000 infections du site opératoire par S. aureus pourraient être évitées en utilisant des méthodes de criblage moléculaire. Rien qu’au Royaume-Uni, cela permettrait d’économiser de 17 à 130 millions de livres sterling par an en coûts de traitement.17
Les techniques de criblage moléculaire comblent les faiblesses des méthodes de culture traditionnelles
La recherche pour le développement d’un produit de dépistage des OMR efficace comportent plusieurs biais. On considère que les méthodes de culture sous-estiment considérablement le nombre d’OMR dans un échantillon, et ces faux négatifs doivent être réduits au minimum pour en diminuer l’impact sur les systèmes de santé. L’augmentation du nombre de processus automatisés pour faciliter l’utilisation des tests au personnel non expert aura une importance particulière dans les pays à revenu faible ou intermédiaire dont les ressources et la formation du personnel sont limitées.
La durée du processus complet est un autre facteur important. Un dépistage bactérien précis rendu en un minimum de temps, peut augmenter l’efficacité du traitement. Les statistiques européennes sur la résistance aux antimicrobiens montrent un besoin évident d’intervention, non seulement pour lutter contre l’abus d’antibiotiques, mais aussi pour lutter contre les nouveaux facteurs de risque, tels que les déplacements forcés et le changement climatique. La mise en œuvre de nouvelles méthodes de tests moléculaires pourrait remédier à cet impact sociétal en réduisant considérablement la durée des visites à l’hôpital, en limitant les coûts des soins de santé pour les patients et les hôpitaux, en réduisant les mutations supplémentaires qui entraînent une plus grande résistance et en réduisant les taux de mortalité.
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