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Infections Gastro-Intestinales - September 18, 2023

Prévalence des infections bactériennes, virales et parasitaires

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Prévalence des infections bactériennes, virales et parasitaires dans la gastro-entérite aiguë

La gastro-entérite aiguë est une maladie infectieuse courante qui provoque des nausées, des vomissements, des diarrhées et des douleurs abdominales qui durent généralement moins de 14 jours.1 Chaque année, on recense environ 21 millions de cas en France et 17 millions de cas au Royaume-Uni.2,3 Alors que dans le monde, elle touche entre 3 et 5 millions d’enfants et est responsable de 1,5 à 2,5 millions de décès par an.4 Les virus sont les coupables dans 50 à 70 % des cas suivis des bactéries (15 à 20 %) et des parasites (10 à 15 %) (Tableau 1). 

Tableau 1. Causes infectieuses de la gastro-entérite aiguë1

Virale  Bactérienne   Parasitaire  
50 %–70 %  15 %-20 %  10 %-15 % 
Noravirus  Shigella  Giardia 
Rotavirus  Salmonelle  E. histolytica
Adénovirus entériques types 40 et 41  Campylobacter  Cryptosporidium 
Astrovirus  E. coli  Isospora 
Coronavirus  Vibrio  Cyclospora 
Certains picornavirus  Yersinia  Microsporidium 
  C. difficile   

Remarque : Les agents pathogènes sont classés par ordre de prévalence 

L’incidence et la cause précises de la gastro-entérite infectieuse aiguë sont difficiles à évaluer car toutes les personnes infectées ne signalent pas leurs symptômes ou ne consultent pas un médecin. De plus, les cultures de selles utilisées pour identifier les causes bactériennes de la gastro-entérite ne détectent les agents pathogènes que dans 1,5 % à 5,6 % des cas, ce qui rend plus difficile le suivi précis et le traitement approprié des patients.1

Causes bactériennes les plus fréquentes

C. jejuni et C. coli sont des causes établies de diarrhée cliniquement indiscernable chez l’homme. L’infection par l’un ou l’autre peut survenir chez des patients de tous âges, avec des preuves qu’elle est plus fréquente dans les tranches d’âge de 1 à 4 ans et de 15 à 24 ans.5 Il y a eu une augmentation de l’incidence mondiale de la campylobactériose au cours de la dernière décennie, même si les cas de C. jejuni et C. coli sont susceptibles d’être sous-déclarés. Bien que C. coli soit moins répandu que C. jejuni dans de nombreuses régions géographiques, elle peut contribuer jusqu’à 25 % de tous les cas de gastro-entérite causés par Campylobacter spp.5

La salmonelle non typhoïde a un impact élevé sur la santé humaine dans le monde, causant environ 93,8 millions de maladies (environ 3 % des maladies diarrhéiques dans le monde) – dont 80,3 millions sont d’origine alimentaire – et 155 000 décès chaque année.6

La majeure partie de la charge de morbidité de l’infection mondiale à Shigella spp est supportée par des enfants âgés de 1 à 4 ans, vivant dans des milieux à faible revenu et à revenu intermédiaire.7 Bien que les taux de mortalité aient diminué au cours des 30 dernières années, environ 164 000 décès annuels sont attribuables à la shigellose.7

Causes virales les plus fréquentes

Le norovirus est la cause la plus fréquente de gastro-entérite aiguë (un cas sur cinq), occasionnant environ 685 millions de cas par an.8 Deux cent millions d’entre eux concernent des enfants de moins de cinq ans. Bien que le norovirus entraîne environ 50 000 décès d’enfants chaque année, principalement dans les pays en développement, il ne se limite pas aux pays à faible revenu et il est souvent la source d’épidémies dans des endroits clos (par exemple, les navires de croisière)8–10. Les infections à norovirus entraînent un coût estimé à 60 milliards de dollars par an en raison des frais des soins de santé et de la perte de productivité.8

Les rotavirus sont omniprésents, infectant presque tous les enfants dans le monde entre 3 et 5 ans et ils sont l’une des principales causes de gastro-entérite grave et déshydratante. En 2013, ils étaient associés à environ 200 000 décès chez les enfants de moins de 5 ans dans le monde.11 La prévalence de l’infection à rotavirus chez les enfants hospitalisés pour diarrhée est d’environ 30 à 50 %, mais >90 % des enfants atteints d’infections à rotavirus mortelles vivent dans des pays à faible revenu.11 Les pays qui ont mis en œuvre des programmes de vaccination contre le rotavirus ont enregistré une baisse notable du nombre de cas de gastro-entérite aiguë, en particulier dans les pays à faible mortalité infantile, parmi les groupes d’âge plus jeunes et dans les pays à couverture plus élevée.12

Les adénovirus entériques de types 40 et 41 sont l’un des agents les plus importants de gastro-entérite aiguë chez les nourrissons et les jeunes enfants de moins de 2 ans, avec des taux variant de 1 à 8 % dans les pays développés à 2 à 31 % dans les pays en développement.4

Causes parasitaires les plus fréquentes

Giardia lamblia (également dénommée Giardia intestinalis etGiardia duodenalis) est le parasite intestinal le plus répandu dans le monde, affectant environ 200 millions de personnes en Asie, en Afrique et en Amérique latine.13 

Entamoeba histolytica est une autre cause parasitaire courante de diarrhée infectieuse qui affecte 50 millions de personnes chaque année.14 Ce pathogène partage des similitudes morphologiques avec Entamoeba dispar, un parasite typiquement non pathogène.15 En raison des similitudes dans leur apparence, la microscopie ne peut pas différencier les 2 parasites, ce qui peut donner lieu à des faux positifs.15 

Tests moléculaires pour la gastro-entérite

Les cultures conventionnelles demeurent les méthodes de test de routine pour le diagnostic des entéropathogènes bactériens et des agents pathogènes détectés à partir de la culture – les tests peuvent être envoyés pour une identification plus approfondie, des recherches sur les épidémies et des études épidémiologiques.16 Bien que la spécificité des cultures soit de 100 %, si aucun agent pathogène n’est présent dans les échantillons sains, la sensibilité de ces tests est généralement faible, difficile à déterminer et nécessite 3 à 5 jours pour la détection des agents pathogènes et la finalisation des rapports.16 Ils exigent également un personnel hautement qualifié, en particulier pour la microscopie parasitaire, et un équipement spécifique pour détecter certains des agents pathogènes dans les échantillons cliniques.16

Le dépistage d’antigènes est une autre méthode de test populaire pour détecter certains parasites et virus intestinaux.16 Ils peuvent être effectués à l’aide de tests immunologiques disponibles dans le commerce. Cependant, ils ont généralement une faible sensibilité et ne détectent pas tous les pathogènes impliqués dans les infections gastro-intestinales.16

L’émergence de tests d’amplification d’acide nucléique (TAAN) disponibles dans le commerce a permis une détection plus facile des agents pathogènes.16 Les tests moléculaires simples courants sont utilisés pour la détection de nombreux agents pathogènes qui causent la gastro-entérite.16 Ces tests peuvent cibler des populations de patients spécifiques et ils peuvent être effectués simultanément à l’aide de plateformes multiplex, qui disposent de plusieurs panels de test. Pour exploiter cette fonctionnalité, une approche syndromique ciblée peut être utilisée, dans laquelle plusieurs agents pathogènes associés à un syndrome particulier peuvent être analysés à la fois, ce qui permet d’économiser du temps et de l’argent et d’améliorer la prise en charge des patients en instaurant un traitement plus précoce.17

Les technologies basées sur les TAAN ont permis de relever certains des défis qui découlent des méthodes traditionnelles en microbiologie et culture.16 Le haut débit, la sensibilité et la spécificité des tests moléculaires fournis par les TAAN permettent un diagnostic, un traitement et une prise en charge rapides des infections gastro-intestinales.16 La pandémie de COVID-19 a révélé les lacunes en matière de tests de diagnostic, favorisant une plus grande sensibilisation aux diagnostics moléculaires. Ces technologies sont très prometteuses pour les tests non COVID et elles peuvent fournir des résultats de test plus rapidement, ce qui pourrait conduire à un diagnostic et une intervention plus précoce et à des évaluations plus rapides des tendances de l’incidence.18

Références

  1. Graves NS. Acute gastroenteritis. Primary Care – Clinics in Office Practice 2013;40:727-741.
  2. Rivière M, Baroux N, Bousquet V, et al. Secular trends in incidence of acute gastroenteritis in general practice, France, 1991 to 2015. 2017:1-8.
  3. Public Health England. Gastrointestinal infections: guidance, data and analysis. 2018:1-5.
  4. Dashti AS, Ghahremani P, Hashempoor T, et al. Molecular Epidemiology of Enteric Adenovirus Gastroenteritis in under-Five-Year-Old Children in Iran. Gastroenterology Research and Practice 2016;2016.
  5. Kaakoush NO, Castaño-Rodríguez N, Mitchell HM, et al. Global epidemiology of campylobacter infection. Clinical Microbiology Reviews 2015;28:687-720.
  6. Majowicz SE, Musto J, Scallan E, et al. The global burden of nontyphoidal salmonella gastroenteritis. Clinical Infectious Diseases 2010;50:882-889.
  7. Kotloff KL, Riddle MS, Platts-Mills JA, et al. Shigellosis. The Lancet 2018;391:801-812.
  8. Centers for Disease Control and Prevention. Norovirus Worldwide. Centres for disease control 2018. Disponible sur : https://www.cdc.gov/norovirus/trends-outbreaks/worldwide.html?CDC_AA_refVal=https%3A%2F%2Fwww.cdc.gov%2Fnorovirus%2Fworldwide.html.
  9. Carling PC, Bruno‐Murtha LA, Griffiths JK. Cruise Ship Environmental Hygiene and the Risk of Norovirus Infection Outbreaks: An Objective Assessment of 56 Vessels over 3 Years. Clinical Infectious Diseases 2009;49:1312-1317. Disponible sur : https://academic.oup.com/cid/article-lookup/doi/10.1086/606058.
  10. Verhoef L, Depoortere E, Boxman I, et al. Emergence of New Norovirus Variants on Spring Cruise Ships and Prediction of Winter Epidemics. Emerging Infectious Diseases 2008;14:238-243. Disponible sur : http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/14/2/06-1567_article.htm.
  11. Crawford SE, Ramani S, Tate JE, et al. Rotavirus infection. Nature Reviews Disease Primers 2017;3.
  12. Burnett E, Parashar UD, Tate JE. Global Impact of Rotavirus Vaccination on Diarrhea Hospitalizations and Deaths Among Children <5 Years Old: 2006–2019. The Journal of Infectious Diseases 2020;222:1731-1739. Disponible sur : https://academic.oup.com/jid/article/222/10/1731/5755890.
  13. Feng Y, Xiao L. Zoonotic Potential and Molecular Epidemiology of Giardia Species and Giardiasis. Clinical Microbiology Reviews 2011;24:110-140. Disponible sur : https://journals.asm.org/doi/10.1128/CMR.00033-10.
  14. Saidin S, Othman N, Noordin R. Update on laboratory diagnosis of amoebiasis. European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases 2019;38:15-38.
  15. Madison-Antenucci S, Relich RF, Doyle L, et al. Multicenter Evaluation of BD Max Enteric Parasite Real-Time PCR Assay for Detection of Giardia duodenalis, Cryptosporidium hominis, Cryptosporidium parvum, and Entamoeba histolytica. Fenwick BW, ed. Journal of Clinical Microbiology 2016;54:2681-2688. Disponible sur : https://journals.asm.org/doi/10.1128/JCM.00765-16.
  16. Amjad M. An Overview of the Molecular Methods in the Diagnosis of Gastrointestinal Infectious Diseases. International Journal of Microbiology 2020;2020.
  17. Chang L-J, Hsiao C-J, Chen B, et al. Accuracy and comparison of two rapid multiplex PCR tests for gastroenteritis pathogens: a systematic review and meta-analysis. BMJ Open Gastroenterology 2021;8:e000553. Disponible sur : https://bmjopengastro.bmj.com/lookup/doi/10.1136/bmjgast-2020-000553.
  18. Licholai G. Diagnostic Industry Shifts In Response To Covid , Patient Demands. 2021:1-7. Disponible sur : https://www.forbes.com/sites/greglicholai/2021/07/22/diagnostic-industry-shifts-in-response-to-covid-patient-demands/?sh=613e3b327212. Consulté le 8 novembre 2021.

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